Colombia cuenta con 1435 especies nativas de peces dulceacuícolas, que representan casi el 5% de todos los peces del mundo y el 29% de Centro y Sur América. De ese total, 311 son endémicas, pero 42 están amenazadas y extintas. Diferentes factores antropogénicos amenazan la conservación de estas especies debido al deterioro ambiental y a la sobrepesca. Lo crítico es que la gran mayoría de los peces amenazados hacen parte de la composición de especies pesqueras de las principales cuencas hidrográficas, ya que miles de familias dependen directamente de ellas. Entre estas especies está el "bocachico" Prochilodus magdalenae, con un importante valor ecológico, social, económico y cultural en la cuenca del río Magdalena. Sin embargo, esta importancia contrasta con el descenso de sus capturas comerciales y el riesgo de estar perdiendo variabilidad genética. Para mitigar el impacto sobre sus poblaciones se han propuesto medidas tradicionales como la veda, tallas reglamentarias, prohibición de artes de pesca y los repoblamientos. Esta última medida busca minimizar los riesgos de extinción, tratando de aumentar sus abundancias en el medio natural. Lo crítico es que los repoblamientos en Colombia no están oficialmente regulados y se desarrollan de manera arbitraria porque no cuentan con los criterios técnicos y científicos. Con el propósito de mejorarlos, en este trabajo se documenta por primera vez un programa de genética de la conservación para el pez más popular de Colombia, el "bocachico". Utilizando ocho marcadores moleculares microsatélites, se identificó el riesgo que corren sus poblaciones naturales debido a la baja variabilidad genética (Ho<0.260). La situación empeoró cuando se analizaron las tres principales estaciones piscícolas que fomentan su repoblamiento, ya que sus reproductores son pobres genéticamente (Ho<0.23) y endogámicos (Fis>0.90). A pesar de esto, hoy Colombia conoce cuáles son los sectores naturales donde el bocachico es vulnerable y cuenta con los dos primeros sistemas de reproductores seleccionados genéticamente para producir las mejores crías a liberar al medio natural, de manera que se pueda minimizar el riesgo de su extinción. Aunque este programa podrá ser utilizado como modelo para los demás peces amenazados, se suministran varias recomendaciones para que sean exitosos.