La efectividad de los espacios naturales protegidos (ENP) está limitada por problemas de complementariedad entre las figuras de protección, baja representatividad ecológica del sistema, insuficiente conectividad a todas las escalas, falta de planes de manejo y financiación insuficiente. Además, la superficie de los ENP generalmente es demasiado limitada como para albergar ecosistemas funcionales de un tamaño suficiente como para conservar la biodiversidad, especialmente en un escenario de cambio climático en el que las especies se verán obligadas a realizar migraciones altitudinales y latitudinales para asegurar la continuidad de sus poblaciones. Para que esta migración pueda darse de la forma más segura posible, es necesario encontrar vías lo menos fragmentadas posibles y lo más similares al ecosistema de referencia. El intenso uso del suelo agrario y la existencia de infraestructuras viarias y ferroviarias suponen un gran foco de fragmentación del paisaje, aumentando el aislamiento de las poblaciones de fauna y flora en fracciones menores y más vulnerables. La conectividad del territorio depende por tanto de la integración de las infraestructuras de transporte tanto dentro como fuera de las áreas protegidas; para que puedan actuar como corredores biológicos, teniendo en cuenta la incidencia del cambio climático. Es de especial importancia asegurar la conexión entre las áreas no protegidas y reducir la fragmentación cuando sea posible aplicando los principios de conectividad ecológica.

La Iniciativa del Gran Conector Ecológico surge de la Fundació Territori i Paisatge de Caixa Catalunya en 2005. Se realizó un completo estudio básico y se recabaron apoyos en Francia y España. Además se encuentra respaldado por la UICN mediante la Resolución 4.061 Gran Conector Ecológico: Cordillera Cantábrica - Pirineos - Macizo Central - Alpes Occidentales, adoptada en el IV Congreso Mundial de la Naturaleza en Barcelona (2008) en la que se reconoce la importancia de desarrollar estrategias preventivas que favorezcan la resiliencia de estos ecosistemas; así como por la Declaración de Les Planes de Son (2005), realizada durante el Congreso Internacional sobre Corredores Ecológicos de Montañas, con el apoyo del Consejo de Europa, Eurosite, Europarc y la Comisión Mundial de Áreas Protegidas de UICN –Tema Montañas.