La implantación desde el año 1986 primero (con la Directiva Aves) y 1992 después (Directiva Hábitats) de la Red Natura 2000 apenas ha contado con la participación de los propietarios de los terrenos afectados, a veces por la ausencia de trámites de información pública en las propuestas de clasificación de las Zonas o Lugares, a menudo también por el propio desinterés de los interesados y la falta de una estructura de representación (asociaciones) adecuada, teniendo en cuenta además la fragmentación de la propiedad y los escasos rendimientos económicos y bajísimas perspectivas de lucro futuro de los mismos.

Hasta el momento, con contadas excepciones (Cataluña), las iniciativas para combatir los aspectos desfavorables para la propiedad en Natura 2000 han partido precisamente de las expectativas de nuevos usos urbanísticos del suelo, habitualmente incompatibles por su naturaleza y extensión con la conservación de estos espacios naturales. En cuanto a las ventajas de las políticas europeas, las resistencias de diversos Departamentos ocasionan que las distintas ayudas de los Fondos Europeos que podrían dedicarse a Natura 2000 y sus propietarios se centren en la agricultura más intensiva y las infraestructuras.

Sin embargo, en los últimos tiempos se detecta una creciente interés de una nueva generación de emprendedores bien formados, animados por un contexto distinto, agricultores y ganaderos, turísticos, propietarios de bosques, etc., que se enfrentan por un lado a la desregulación existente (ausencia de Planes de Gestión) y por otro a la falta de vertebración asociativa que impulse una interlocución ante las Comunidades Autónomas.