Desde la entrada en vigor del Real Decreto 140/2003, de 7 de febrero, por el que se establecen los criterios sanitarios de la calidad del agua de consumo humano, son los municipios las administraciones encargadas de asumir las competencias en materia de autocontrol sanitario del agua. En la provincia de Burgos, estas competencias y obligaciones se han concretado a través del Programa de Vigilancia Sanitaria del Agua de Consumo Humano de Castilla y León, vigente desde el año 2009.
La Diputación Provincial de Burgos, consciente de las dificultades a las que se enfrentan los municipios de la provincia (especialmente aquellos con menor capacidad técnica y financiera) para dar cumplimiento a esta normativa, viene trabajando desde el año 2010 en el desarrollo de un Plan de Apoyo a Municipios, ofreciendo de forma gratuita a los ayuntamientos servicios de información (mediante la celebración de varias jornadas y seminarios), formación para empleados municipales (cerca de 300 personas han recibido el curso de manipulador de aguas) y asistencia técnica para la elaboración de los Protocolos de Autocontrol y Gestión del abastecimiento (PAGs) y para el registro de las zonas de abastecimiento, infraestructuras y otros datos de los municipios en el Sistema de Información Nacional de Agua de Consumo (SINAC).
La principal actuación en materia de autocontrol sanitario del agua a nivel provincial ha sido, sin embargo, la aprobación del Convenio Marco entre la Diputación y los Ayuntamientos menores de 20.000 habitantes para la prestación de los servicios de análisis del agua. Dicho Convenio ha permitido la adhesión hasta la fecha de 170 ayuntamientos de la provincia que incluyen casi 400 zonas de abastecimiento. Desde la puesta en marcha del servicio de control de la calidad del agua de consumo humano, se han realizado más de 5.000 análisis de agua en depósitos, redes de distribución y grifos de consumo. Los resultados obtenidos de los diferentes análisis llevados a cabo en los municipios adheridos al Convenio Provincial indican que en esta provincia se consume agua de buena calidad, ya que la mayor parte de ellos cumplen con los límites establecidos en los diferentes parámetros a controlar. Los principales incumplimientos detectados en algunos parámetros de calidad del agua se relacionan con los niveles de cloro y de microorganismos (subsanables con una correcta desinfección del agua) o con los niveles de nitratos, en muchos casos derivados de la actividad agrícola y ganadera. En cualquier caso, la provincia de Burgos no presenta en ninguna de sus comarcas los graves problemas derivados de la aparición, por ejemplo, de metales pesados (arsénico, plomo, etc.) como sucede en otras zonas.
El Plan de Apoyo a Municipios se ha completado en el año 2012 con la convocatoria de subvenciones a Entidades Locales para la adquisición de equipos (cloradores, desnitrificadores, descalcificadores, etc.) que mejoren la calidad del agua de consumo humano.